Методы флуоресцентной детекции

Методы флуоресентной детекции могут быть разделены на два главных направления: неспецифичные и специфичные. В таблице перечислены основные особенности, преимущества и недостатки наиболее используемых методов.
Замечания, предложения и дополнения присылать сюда.

Неспецифичные методы
Принцип действия
Особенности
Интеркалирующие красители (SYBR Green I и др.)
Сигнал флуоресценции увеличивается из-за связывания интеркалирующего красителя с двухцепочечной ДНК.
Высокий уровень сигнала, общие подходы к дизайну различных экспериментов, возможны ложноположительные результаты из-за димеров праймеров или неспецифичных ампликонов, в силу этого эти методы непригодны для диагностических целей.
Амплифлуры (Amplifluor)
Аллель-специфичная ПЦР раскрывает шпилечную структуру флуоресцентно-меченных олигонуклеотидов.
Люкс-праймеры (Lux)
Сигнал флуоресценции меняется при включении флуоресцентно-меченного праймера в ПЦР продукт.
DzyNA-PCR
При связывании зонда с амплификатом образуется участок узнавания рестриктазы.
Cпецифичные методы
   
ТакМаны (TaqMan)
Краситель и гаситель разделяются из-за 5`-экзонуклеазной активности Taq-полимеразы.
Высокий уровень сигнала, легкость дизайна и синтеза, плохое соотношение сигнал/шум, проблемы с дискриминацией некоторых последовательностей.
Molecular Beacons
Краситель и гаситель разделяются после связывания зонда с ампликоном и раскрытия шпильки.
Низкий уровень сигнала из-за кинетики реакции, хорошое соотношение сигнал/шум.
Eclipse
Аналогичны ТакМанам, но устойчивы к экзонуклеазной активности полимеразы, сигнал генерируется после связывания зонда с ампликоном.
Высокий уровень сигнала, легкость дизайна и синтеза, плохое соотношение сигнал/шум, проблемы с дискриминацией некоторых последовательностей.
Hyb probes
Два красителя сближаются после связывания зондов с ампликоном, сигнал генерируется с помощью механизма FRET.
Плохое соотношение сигнал/шум, не подходит для всех приборов, реакция требует тримолекулярного взаимодействия.
Scorpions
Зонд-праймер включается в ПЦР продукт, сигнал генерируется после раскрытия шпильки и связывания свободного конца зонда с ампликоном.
Отличное соотношение сигнал/шум, мономолекулярная реакция, сравнительно дорогой синтез.

По материалам IVD Technology